Unutarnje ustrojstvo

Uredbom o unutarnjem ustrojstvu Ministarstva poljoprivrede uređuju se nazivi upravnih organizacija i drugih unutarnjih ustrojstvenih jedinica u sastavu Ministarstva, njihov djelokrug i način upravljanja te okvirni broj državnih službenika i namještenika potrebnih za obavljanje poslova iz djelokruga Ministarstva, kao i druga pitanja od značaja za rad Ministarstva.
 

• Kabinet ministra
• Samostalna služba za akreditaciju Agencije za plaćanja za poljoprivredne fondove europske unije
• Samostalna služba za unutarnju reviziju
• Glavno tajništvo
• Uprava za financijske poslove i javnu nabavu
• Uprava za poljoprivredno zemljište, biljnu proizvodnju i tržište
• Uprava za potpore poljoprivredi i ruralnom razvoju
• Uprava za stručnu podršku razvoju poljoprivrede 
• Uprava za veterinarstvo i sigurnost hrane
• Uprava šumarstva, lovstva i drvne industrije
• Uprava za poljoprivrednu politiku, EU i međunarodnu suradnju
• Uprava ribarstva
• Uprava za stočarstvo i kvalitetu hrane

Organizacijska struktura Ministarstva poljoprivrede