Subjekti u ekološkoj poljoprivredi upisuju se u Upisnik subjekata u ekološkoj poljoprivredi na temelju zahtjeva. Zahtjev se podnosi u podružnicama Agencije za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju na obrascu
ZUS iz Priloga 1. Pravilnika o kontrolnom sustavu ekološke poljoprivrede (NN 110/22). Upisnik subjekata u ekološkoj proizvodnji vodi Agencija za plaćanja kao javnu službenu evidenciju u elektroničkom obliku.
Od 1. siječnja 2023. godine certifikati svih ekoloških subjekata iz Hrvatske, država članica EU i trećih država izdaju se u sustavu TRACES, a dostupni su na sljedećoj poveznici:
