Uredbom o unutarnjem ustrojstvu Ministarstva poljoprivrede uređuju se nazivi upravnih organizacija i drugih unutarnjih ustrojstvenih jedinica u sastavu Ministarstva, njihov djelokrug i način upravljanja te okvirni broj državnih službenika i namještenika potrebnih za obavljanje poslova iz djelokruga Ministarstva, kao i druga pitanja od značaja za rad Ministarstva.
- Kabinet ministra
- Samostalna služba za akreditaciju Agencije za plaćanja za poljoprivredne fondove europske unije
- Samostalna sektor za unutarnju reviziju
- Glavno tajništvo
- Uprava za financijske poslove i javnu nabavu
- Uprava za poljoprivredno zemljište, biljnu proizvodnju i tržište
- Uprava za potpore poljoprivredi i ruralnom razvoju
- Uprava za stručnu podršku razvoju poljoprivrede
- Uprava za veterinarstvo i sigurnost hrane
- Uprava šumarstva, lovstva i drvne industrije
- Uprava za poljoprivrednu politiku, EU i međunarodnu suradnju
- Uprava ribarstva
- Uprava za stočarstvo i kvalitetu hrane
- Samostalni sektor za drugostupanjski upravni postupak
Organizacijska struktura Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i ribarstva
